名称は似ていますが、違う性質を持っています。
市販品の次亜塩素酸ナトリウムは強アルカリ性で、洗浄・漂白・腐食力が強く、一定の除菌力を有します。
残留性がありますので、プールや温泉など、塩素濃度が消費してなくなってはならないシーンで活躍します。一方プロトクリン・アクアは、洗浄・漂白・腐食性は弱く、除菌力は次亜塩素酸ナトリウムの数倍の力を有しています。（同濃度比較）残留性がなく、汚れや菌に接触するとすぐに分解されるのが特徴です。
プロトクリン・アクアは人体に安全に、除菌力に特化した「次亜塩素酸」です。